Danas, u vrijeme ekspanzije informacijskih tehnologija, skoro je nemoguće zamisliti provođenje istraga bez adekvatne operativne potpore. U okviru SIPA-e djeluje Sektor za operativnu potporu koji pruža operativnu pomoć drugim organizacijskim jedinicama SIPA-e u provođenju istraga. S ciljem prikupljanja dokaza, Sektor za operativnu potporu provodi po nalogu suda mjere i radnje koje se odnose na posebne istražne radnje, i to: nadzor i tehničko snimanje telekomunikacija, pristup kompjuterskim sustavima i kompjutersko sravnjavanje podataka, nadzor i tehničko snimanje prostorija, tajno praćenje i tehničko snimanje osoba i predmeta, nadzirani prevoz i isporuka predmeta kaznenog djela.
Odsjek za operativni i tehnički nadzor unutarnja je organizacijska jedinica Sektora za operativnu potporu. Za potrebe SIPA-e, ali i drugih policijskih struktura u BiH, provodi mjere operativnog i tehničkog nadzora na terenu i analizira digitalne dokaze u kaznenim postupcima, što daje veliki doprinos u razotkrivanju i hvatanju počinitelja kaznenih djela. Zato je ovaj odsjek nezaobilazan faktor u istražnom postupku, kako u pogledu primjene posebnih istražnih radnji, tako i u analizi digitalnih dokaza.
Odsjek za zakonito presretanje komunikacija formiran je 2008. godine. Nadležan je za provođenje operativnih mjera i radnji 24 sata dnevno radi pravovremenog prikupljanja informacija o izvršiteljima kaznenih djela i njihovim aktivnostima. Pored poslova i zadataka za potrebe SIPA-e, pruža tehničku potporu i drugim agencijama u BiH u realizaciji posebne istražne radnje nadzor i tehničko snimanje telekomunikacija.
Sektor za operativnu potporu nadležan je i za protueksplozivnu i protudiverzionu zaštitu na razini Agencije i u nadležnosti Agencije. Također, obavlja poslove stalnog operativnog dežurstva u Agenciji, te određene poslove koji se odnose na zaštitu osoba i objekata Agencije, zatim poslove održavanja, razvoja i sigurnosti informacijskog sustava Agencije, poslove razvoja i korištenja sustava veze i kriptozaštite i druge poslove sukladno zakonu.
Pravilnikom o unutarnjoj organizaciji SIPA-e u okviru Sektora za operativnu potporu predviđena je Helikopterska grupa koja će pružati potporu ostalim organizacijskim jedinicama SIPA-e u najsloženijim situacijama, čija je uspostava planirana u narednom periodu.
Unutarnje organizacijske jedinice
- Operativno-komunikacijski odsjek
- Odsjek za operativno-tehnički nadzor i informatičku potporu
- Odsjek za informatiku, komunikacije i sigurnost informatičkih sustava
- Odsjek za zakonito presretanje komunikacija
- Odsjek za protudiverzionu, protueksplozivnu i tehničku zaštitu
- Grupa za kriminalističku tehniku i poligrafsko vještačenje
- Helikopterska grupa