Jedna od temeljnih pretpostavki za mir i suživot naroda u BiH, kao i za njeno priključenje europskim i svjetskim integracijama, je otkrivanje, pronalaženje i predavanje nadležnim pravosudnim tijelima svih osoba koje su sudjelovale u kršenju međunarodnih konvencija, deklaracija, sporazuma i zakona koji reguliraju oblast ratnih zločina.
Sektor za istraživanje ratnih zločina i kaznenih djela kažnjivih po međunarodnom humanitarnom pravu otkriva i istražuje ratne zločine i kaznena djela kažnjiva po međunarodnom humanitarnom pravu koja su u nadležnosti Suda BiH, prikuplja informacije i podatke o navedenim kaznenim djelima, analizira izvješća i informacije u svezi sa osumnjičenim, optuženim osobama i zločinima, te procjenjuje i analizira obavještajne podatke. Također, pruža pomoć sudu i tužiteljstvu u zaštiti informacija i izvršava naloge suda i tužiteljstva, te ostvaruje neophodnu internu i eksternu suradnju sa domaćim i međunarodnim tijelima i institucijama, s ciljem obavljanja poslova iz svoje nadležnosti, a posebno sa Međunarodnim kaznenim sudom za bivšu Jugoslaviju (ICTY) u istrazi i kaznenom gonjenju osoba koje su optužene da su počinile teške prekršaje međunarodnog humanitarnog prava sukladno članku 29. Statuta i članku 39. Pravila postupka ICTY-a. Ovaj sektor provodi zahtjeve za pružanje pomoći ili naloge koje izda Vijeće Suda, što uključuje, ali se ne ograničava na identifikaciju i lociranje osoba, uzimanje izjava svjedoka i izvođenje dokaza, predaju dokumenata, hapšenje i pritvaranje osoba, predaju ili prebacivanje optuženih na Međunarodni sud. Također, ovaj sektor surađuje sa Međunarodnim kaznenim sudom u istrazi i kaznenom gonjenju osoba sukladno čl. 86. do 102. Dijela 9. Statuta Međunarodnog kaznenog suda i provodi u praksu zahtjeve za sve vrste pomoći navedene u članku 93. stavak (1) točke a) do k), te radi i druge poslove sukladno zakonu.
Unutarnje organizacijske jedinice
- Odsjek za istrage
- Obavještajno-analitički odsjek
Uspješnom radu i rezultatima posebno doprinose istražitelji obučeni za provođenje istraga ratnih zločina, organizirani u Odsjeku za istrage, koji kontinuirano i blisko surađuju sa službenicima Obavještajno-analitičkog odsjeka. Pravovremena i adekvatna koordinacija ova dva odsjeka temelj je za bolje rezultate i opće unaprjeđenje rada ove organizacijske jedinice. Važan doprinos daju i brojne specijalističke obuke održane u organizaciji međunarodnih partnera SIPA-e, a odnedavno slične obuke SIPA organizira i realizira angažiranjem vlastitih ljudskih potencijala.