Materijalno-tehničko opremanje Agencije vrlo je važan segment za efikasno obavljanje poslova i zadataka iz njene nadležnosti. Pored redovnog opremanja, nabavka adekvatne specijalističke opreme predstavlja jedan od preduvjeta za efikasno provođenje istraga na terenu. U proteklom periodu Sektor za materijalno-financijske poslove proveo je veliki broj otvorenih postupaka, izravnih sporazuma, pregovaračkih postupaka i drugih zakonom predviđenih postupaka nabave.
Sektor za materijalno-financijske poslove u funkciji je logističke potpore drugim organizacijskim jedinicama Agencije. Sektor surađuje sa drugim organizacijskim jedinicama Agencije, kao i drugim tijelima i organizacijama, u poslovima koji su u svezi sa radom Sektora, stara se o realizaciji programa materijalnog opremanja, obavlja računovodstveno-financijske i imovinsko-pravne poslove, održava vozila, objekte i opremu Agencije, prima, skladišti i distribuira svu nabavljenu i doniranu robu, izrađuje nacrte godišnjeg proračuna, prati realizaciju proračuna, vodi sve zakonom predviđene računovodstvene evidencije, plaća stvorene obveze prema dobavljačima, uposlenim i dr., izrađuje interne akte i propise koji se odnose na poslove iz nadležnosti Sektora, izrađuje planove i programe materijalno-finansijskog poslovanja, te periodične i godišnje obračune i izvješća o financijskom poslovanju Agencije, sudjeluje u pripremi i zaključivanju ugovora za nabavu roba, usluga i izvođenja radova za potrebe Agencije, te se brine o naplati potraživanja Agencije.