Jedinica interne revizije vrši funkciju interne revizije sukladno Zakonu o internoj reviziji institucija BiH, na način propisan Odlukom o kriterijima za uspostavu jedinica interne revizije u institucijama BiH i uz poštivanje dokumenata koje je odobrila Središnja harmonizacijska jedinica. Funkcija interne revizije obavlja se na temelju Povelje interne revizije koju potpisuju rukovodilac Jedinice interne revizije i ravnatelj Agencije, na način kako je to propisano Odlukom o kriterijima za uspostavu jedinica interne revizije u institucijama BiH.
Jedinica interne revizije vrši internu reviziju na temelju odobrenih strateških, godišnjih i pojedinačnih revizorskih planova koji se temelje na procjeni rizika i na tom temelju utvrđenim prioritetima koji osiguravaju efikasno i efektivno korištenje raspoloživih resursa.