Odjel za unutarnju kontrolu provodi interni postupak povodom predstavki koje se odnose na nepravilno ponašanje i rad policijskih službenika i ostalih uposlenih u SIPA-i. Građani su jedan od inicijatora pokretanja internih istraga i u svakom momentu mogu dati primjedbe na rad policijskih službenika SIPA-e, koje će obraditi stručne osobe. Na ulazu u sjedište SIPA-e u Istočnom Sarajevu, kao i na ulazu u Regionalni ured Mostar, Regionalni ured Banja Luka i Regionalni ured Tuzla, Odjel za unutarnju kontrolu postavio je sandučad u koja građani mogu ubaciti prizive i predstavke na rad uposlenih u SIPA-i.
Prizive i predstavke na rad uposlenih u SIPA-i mogu se poslati i na e-mail unutarnjakontrola@sipa.gov.ba.
Odjel za unutarnju kontrolu provodi istražne postupke o upotrebi sredstava prinude, prekoračenju policijskih ovlasti, korupciji i drugim nepravilnostima u radu policijskih službenika SIPA-e. Također, provodi inspekcije unutar SIPA-e, ostvaruje neophodnu internu i eksternu suradnju s ciljem provođenja istrage, a o rezultatima istrage upoznaje ravnatelja SIPA-e kojem dostavlja završno izvješće.
Sukladno zakonu, Odjel vrši temeljne sigurnosne provjere, obavlja poslove i poduzima mjere fizičke, tehničke i druge zaštite dokumenata u svezi sa zakonitim raspolaganjem, čuvanjem, otpremom i uništavanjem zaštićenih dokumenata, brine se za usavršavanje i provedbu fizičkih, organizacionih i tehničkih standarda zaštite tajnih podataka u SIPA-i, te radi i druge poslove sukladno zakonu.