Sjedište Regionalnog ureda Mostar je u Mostaru. Regionalni ured Mostar, sukladno zakonu i Pravilniku o unutarnjoj organizaciji SIPA-e, poslove i zadatke obavlja u zoni svoje nadležnosti koja pokriva područja ministarstava unutarnjih poslova Hercegovačko-neretvanske županije, Zapadnohercegovačke županije i Županije 10 u entitetu Federacija BiH i područje Centra javne sigurnosti Trebinje u entitetu Republika Srpska.
Unutarnje organizacijske jedinice
- Kriminalističko-istražni odsjek
- Odsjek za prikupljanje kriminalističko-obavještajnih podataka
- Odsjek za istraživanje ratnih zločina i kaznenih djela kažnjivih po međunarodnom humanitarnom pravu
- Grupa za operativno dežurstvo, vezu i kriptozaštitu
- Regionalni ured Mostar
- Blajburških žrtava bb, 88000 Mostar
- 036 447-500
- 036 348-987
- rkmostar@sipa.gov.ba