Danas, u vrijeme ekspanzije informacionih tehnologija, skoro je nemoguće zamisliti provođenje istraga bez adekvatne operativne podrške. U okviru SIPA-e djeluje Sektor za operativnu podršku koji pruža operativnu pomoć drugim organizacionim jedinicama SIPA-e u provođenju istraga. S ciljem prikupljanja dokaza, Sektor za operativnu podršku provodi po naredbi suda mjere i radnje koje se odnose na posebne istražne radnje, i to: nadzor i tehničko snimanje telekomunikacija, pristup kompjuterskim sistemima i kompjutersko sravnjavanje podataka, nadzor i tehničko snimanje prostorija, tajno praćenje i tehničko snimanje osoba i predmeta, nadzirani prevoz i isporuka predmeta krivičnog djela.
Odsjek za operativni i tehnički nadzor unutrašnja је organizaciona jedinica Sektora za operativnu podršku. Za potrebe SIPA-e, ali i drugih policijskih struktura u BiH, provodi mjere operativnog i tehničkog nadzora na terenu i analizira digitalne dokaze u krivičnim postupcima, što daje veliki doprinos u razotkrivanju i hvatanju počinilaca krivičnih djela. Zato je ovaj odsjek nezaobilazan faktor u istražnom postupku, kako u pogledu primjene posebnih istražnih radnji, tako i u analizi digitalnih dokaza.
Odsjek za zakonito presretanje komunikacija formiran je 2008. godine. Nadležan je za provođenje operativnih mjera i radnji 24 sata dnevno radi blagovremenog prikupljanja informacija o izvršiocima krivičnih djela i njihovim aktivnostima. Pored poslova i zadataka za potrebe SIPA-e, pruža tehničku podršku i drugim agencijama u BiH u realizaciji posebne istražne radnje nadzor i tehničko snimanje telekomunikacija.
Sektor za operativnu podršku nadležan je i za protiveksplozivnu i protivdiverzionu zaštitu na nivou Agencije i u nadležnosti Agencije. Također, obavlja poslove stalnog operativnog dežurstva u Agenciji, te određene poslove koji se odnose na zaštitu osoba i objekata Agencije, zatim poslove održavanja, razvoja i sigurnosti informacionog sistema Agencije, poslove razvoja i korištenja sistema veze i kriptozaštite i druge poslove u skladu sa zakonom.
Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji SIPA-e u okviru Sektora za operativnu podršku predviđena je Helikopterska grupa koja će pružati podršku ostalim organizacionim jedinicama SIPA-e u najsloženijim situacijama, čija je uspostava planirana u narednom periodu.
Unutrašnje organizacione jedinice
- Operativno-komunikacioni odsjek
- Odsjek za operativno-tehnički nadzor i informatičku podršku
- Odsjek za informatiku, komunikacije i sigurnost informatičkih sistema
- Odsjek za zakonito presretanje komunikacija
- Odsjek za protivdiverzionu, protiveksplozivnu i tehničku zaštitu
- Grupa za kriminalističku tehniku i poligrafsko vještačenje
- Helikopterska grupa