Odjel za unutrašnju kontrolu provodi interni postupak povodom predstavki koje se odnose na nepravilno ponašanje i rad policijskih službenika i ostalih zaposlenih u SIPA-i. Građani su jedan od inicijatora pokretanja internih istraga i u svakom momentu mogu dati primjedbe na rad policijskih službenika SIPA-e, koje će obraditi stručne osobe. Na ulazu u sjedište SIPA-e u Istočnom Sarajevu, kao i na ulazu u Regionalni ured Mostar, Regionalni ured Banja Luka i Regionalni ured Tuzla, Odjel za unutrašnju kontrolu postavio je sandučad u koja građani mogu ubaciti žalbe i predstavke na rad zaposlenih u SIPA-i.
Žalbe i predstavke na rad zaposlenih u SIPA-i mogu se poslati i na e-mail unutarnjakontrola@sipa.gov.ba.
Odjel za unutrašnju kontrolu provodi istražne postupke o upotrebi sredstava prinude, prekoračenju policijskih ovlaštenja, korupciji i drugim nepravilnostima u radu policijskih službenika SIPA-e. Također, provodi inspekcije unutar SIPA-e, ostvaruje neophodnu internu i eksternu saradnju s ciljem provođenja istrage, a o rezultatima istrage upoznaje direktora SIPA-e kojem dostavlja završni izvještaj.
U skladu sa zakonom, Odjel vrši osnovne sigurnosne provjere, obavlja poslove i preduzima mjere fizičke, tehničke i druge zaštite dokumenata u vezi sa zakonitim raspolaganjem, čuvanjem, otpremom i uništavanjem zaštićenih dokumenata, brine se za usavršavanje i provođenje fizičkih, organizacionih i tehničkih standarda zaštite tajnih podataka u SIPA-i, te radi i druge poslove u skladu sa zakonom.