Jedna od osnovnih pretpostavki za mir i suživot naroda u BiH, kao i za njeno priključenje evropskim i svjetskim integracijama, je otkrivanje, pronalaženje i predavanje nadležnim pravosudnim organima svih osoba koje su učestvovale u kršenju međunarodnih konvencija, deklaracija, sporazuma i zakona koji reguliraju oblast ratnih zločina.
Sektor za istraživanje ratnih zločina i krivičnih djela kažnjivih po međunarodnom humanitarnom pravu otkriva i istražuje ratne zločine i krivična djela kažnjiva po međunarodnom humanitarnom pravu koja su u nadležnosti Suda BiH, prikuplja informacije i podatke o navedenim krivičnim djelima, analizira izvještaje i informacije u vezi sa osumnjičenim, optuženim osobama i zločinima, te procjenjuje i analizira obavještajne podatke. Također, pruža pomoć sudu i tužilaštvu u zaštiti informacija i izvršava naloge suda i tužilaštva, te ostvaruje neophodnu internu i eksternu saradnju sa domaćim i međunarodnim organima i institucijama, s ciljem obavljanja poslova iz svoje nadležnosti, a posebno sa Međunarodnim krivičnim sudom za bivšu Jugoslaviju (ICTY) u istrazi i krivičnom gonjenju osoba koje su optužene da su počinile teške prekršaje međunarodnog humanitarnog prava u skladu sa članom 29. Statuta i članom 39. Pravila postupka ICTY-a. Ovaj sektor provodi zahtjeve za pružanje pomoći ili naloge koje izda Vijeće Suda, što uključuje, ali se ne ograničava na identifikaciju i lociranje osoba, uzimanje izjava svjedoka i izvođenje dokaza, predaju dokumenata, hapšenje i pritvaranje osoba, predaju ili prebacivanje optuženih na Međunarodni sud. Također, ovaj sektor sarađuje sa Međunarodnim krivičnim sudom u istrazi i krivičnom gonjenju osoba u skladu sa čl. 86. do 102. Dijela 9. Statuta Međunarodnog krivičnog suda i provodi u praksu zahtjeve za sve vrste pomoći navedene u članu 93. stav (1) tačke a) do k), te radi i druge poslove u skladu sa zakonom.
Unutrašnje organizacione jedinice
- Odsjek za istrage
- Obavještajno-analitički odsjek
Uspješnom radu i rezultatima posebno doprinose istražitelji obučeni za provođenje istraga ratnih zločina, organizirani u Odsjeku za istrage, koji kontinuirano i blisko sarađuju sa službenicima Obavještajno-analitičkog odsjeka. Blagovremena i adekvatna koordinacija ova dva odsjeka osnov je za bolje rezultate i opće unapređenje rada ove organizacione jedinice. Važan doprinos daju i brojne specijalističke obuke održane u organizaciji međunarodnih partnera SIPA-e, a odnedavno slične obuke SIPA organizira i realizira angažiranjem vlastitih ljudskih potencijala.