Materijalno-tehničko opremanje Agencije vrlo je važan segment za efikasno obavljanje poslova i zadataka iz njene nadležnosti. Pored redovnog opremanja, nabavka adekvatne specijalističke opreme predstavlja jedan od preduslova za efikasno provođenje istraga na terenu. U proteklom periodu Sektor za materijalno-finansijske poslove proveo je veliki broj otvorenih postupaka, direktnih sporazuma, pregovaračkih postupaka i drugih zakonom predviđenih postupaka nabavke.
Sektor za materijalno-finansijske poslove u funkciji je logističke podrške drugim organizacionim jedinicama Agencije. Sektor sarađuje sa drugim organizacionim jedinicama Agencije, kao i drugim organima i organizacijama, u poslovima koji su u vezi sa radom Sektora, stara se o realizaciji programa materijalnog opremanja, obavlja računovodstveno-finansijske i imovinsko-pravne poslove, održava vozila, objekte i opremu Agencije, prima, skladišti i distribuira svu nabavljenu i doniranu robu, izrađuje nacrte godišnjeg budžeta, prati realizaciju budžeta, vodi sve zakonom predviđene računovodstvene evidencije, plaća stvorene obaveze prema dobavljačima, zaposlenim i dr., izrađuje interne akte i propise koji se odnose na poslove iz nadležnosti Sektora, izrađuje planove i programe materijalno-finansijskog poslovanja, te periodične i godišnje obračune i izvještaje o finansijskom poslovanju Agencije, učestvuje u pripremi i zaključivanju ugovora za nabavku roba, usluga i izvođenja radova za potrebe Agencije, te se brine o naplati potraživanja Agencije.