Jedinica interne revizije vrši funkciju interne revizije u skladu sa Zakonom o internoj reviziji institucija BiH, na način propisan Odlukom o kriterijima za uspostavljanje jedinica interne revizije u institucijama BiH i uz poštivanje dokumenata koje je odobrila Centralna harmonizacijska jedinica. Funkcija interne revizije obavlja se na osnovu Povelje interne revizije koju potpisuju rukovodilac Jedinice interne revizije i direktor Agencije, na način kako je to propisano Odlukom o kriterijima za uspostavljanje jedinica interne revizije u institucijama BiH.
Jedinica interne revizije vrši internu reviziju na osnovu odobrenih strateških, godišnjih i pojedinačnih revizorskih planova koji se zasnivaju na procjeni rizika i na toj osnovi utvrđenim prioritetima koji osiguravaju efikasno i efektivno korištenje raspoloživih resursa.