Данас, у вријеме експанзије информационих технологија, скоро је немогуће замислити спровођење истрага без адекватне оперативне подршке. У оквиру СИПА-е дјелује Сектор за оперативну подршку који пружа оперативну помоћ другим организационим јединицама СИПА-е у спровођењу истрага. С циљем прикупљања доказа, Сектор за оперативну подршку спроводи по наредби суда мјере и радње које се односе на посебне истражне радње, и то: надзор и техничко снимање телекомуникација, приступ компјутерским системима и компјутерско сравњавање података, надзор и техничко снимање просторија, тајно праћење и техничко снимање лица и предмета, надзирани превоз и испорука предмета кривичног дјела.
Одсјек за оперативни и технички надзор унутрашња је организациона јединица Сектора за оперативну подршку. За потребе СИПА-е, али и других полицијских структура у БиХ, спроводи мјере оперативног и техничког надзора на терену и анализира дигиталне доказе у кривичним поступцима, што даје велики допринос у разоткривању и хватању починилаца кривичних дјела. Зато је овај одсјек незаобилазан фактор у истражном поступку, како у погледу примјене посебних истражних радњи, тако и у анализи дигиталних доказа.
Одсјек за законито пресретање комуникација формиран је 2008. године. Надлежан је за спровођење оперативних мјера и радњи 24 сата дневно ради благовременог прикупљања информација о извршиоцима кривичних дјела и њиховим активностима. Поред послова и задатака за потребе СИПА-е, пружа техничку подршку и другим агенцијама у БиХ у реализацији посебне истражне радње надзор и техничко снимање телекомуникација.
Сектор за оперативну подршку надлежан је и за противексплозивну и противдиверзиону заштиту на нивоу Агенције и у надлежности Агенције. Такођер, обавља послове сталног оперативног дежурства у Агенцији, те одређене послове који се односе на заштиту лица и објеката Агенције, затим послове одржавања, развоја и безбједности информационог система Агенције, послове развоја и кориштења система везе и криптозаштите и друге послове у складу са законом.
Правилником о унутрашњој организацији СИПА-е у оквиру Сектора за оперативну подршку предвиђена је Хеликоптерска група која ће пружати подршку осталим организационим јединицама СИПА-е у најсложенијим ситуацијама, чије је успостављање планирано у наредном периоду.
Унутрашње организационе јединице
- Оперативно-комуникациони одсјек
- Одсјек за оперативно-технички надзор и информатичку подршку
- Одсјек за информатику, комуникације и безбједност информатичких система
- Одсјек за законито пресретање комуникација
- Одсјек за противдиверзиону, противексплозивну и техничку заштиту
- Група за криминалистичку технику и полиграфско вјештачење
- Хеликоптерска група