Одјељење за унутрашњу контролу спроводи интерни поступак поводом представки које се односе на неправилно понашање и рад полицијских службеника и осталих запослених у СИПА-и. Грађани су један од иницијатора покретања интерних истрага и у сваком моменту могу дати примједбе на рад полицијских службеника СИПА-е, које ће обрадити стручна лица. На улазу у сједиште СИПА-е у Источном Сарајеву, каo и на улазу у Регионалну канцеларију Мостар, Регионалну канцеларију Бања Лука и Регионалну канцеларију Тузла, Одјељење за унутрашњу контролу поставило је сандучад у која грађани могу убацити жалбе и представке на рад запослених у СИПА-и.
Жалбе и представке на рад запослених у СИПА-и могу се послати и на имејл unutarnjakontrola@sipa.gov.ba.
Одјељење за унутрашњу контролу спроводи истражне поступке о употреби средстава принуде, прекорачењу полицијских овлаштења, корупцији и другим неправилностима у раду полицијских службеника СИПА-е. Такође, спроводи инспекције унутар СИПА-е, остварује неопходну интерну и екстерну сарадњу с циљем спровођења истраге, а о резултатима истраге упознаје директора СИПА-е којем доставља завршни извјештај.
У складу са законом, Одјељење врши основне безбједносне провјере, обавља послове и предузима мјере физичкe, техничкe и другe заштитe докумената у вези са законитим располагањем, чувањем, отпремом и уништавањем заштићених докумената, брине се за усавршавање и спровођење физичких, организационих и техничких стандарда заштите тајних података у СИПА-и, те ради и друге послове у складу са законом.