Јединица интерне ревизије врши функцију интерне ревизије у складу са Законом о интерној ревизији институција БиХ, на начин прописан Одлуком о критеријима за успостављање јединица интерне ревизије у институцијама БиХ и уз поштивање докумената које је одобрила Централна хармонизацијска јединица. Функција интерне ревизије обавља се на основу Повеље интерне ревизије коју потписују руководилац Јединице интерне ревизије и директор Агенције, на начин како је то прописано Одлуком о критеријима за успостављање јединица интерне ревизије у институцијама БиХ.
Јединица интерне ревизије врши интерну ревизију на основу одобрених стратешких, годишњих и појединачних ревизорских планова који се заснивају на процјени ризика и на тој основи утврђеним приоритетима који обезбјеђују ефикасно и ефективно кориштење расположивих ресурса.