Једна од основних претпоставки за мир и суживот народа у БиХ, као и за њено прикључење европским и свјетским интеграцијама, је откривање, проналажење и предавање надлежним правосудним органима свих лица која су учествовала у кршењу међународних конвенција, декларација, споразума и закона који регулишу област ратних злочина.
Сектор за истраживање ратних злочина и кривичних дјела кажњивих по међународном хуманитарном праву открива и истражује ратне злочине и кривична дјела кажњива по међународном хуманитарном праву која су у надлежности Суда БиХ, прикупља информације и податке о наведеним кривичним дјелима, анализира извјештаје и информације у вези са осумњиченим, оптуженим лицима и злочинима, те процјењује и анализира обавјештајне податке. Такође, пружа помоћ суду и тужилаштву у заштити информација и извршава налоге суда и тужилаштва, те остварује неопходну интерну и екстерну сарадњу са домаћим и међународним органима и институцијама, с циљем обављања послова из своје надлежности, а посебно са Међународним кривичним судом за бившу Југославију (МКСЈ) у истрази и кривичном гоњењу лица која су оптужена да су починила тешке прекршаје међународног хуманитарног права у складу са чланом 29. Статута и чланом 39. Правила поступка МКСЈ. Овај сектор спроводи захтјеве за пружање помоћи или налоге које изда Вијеће Суда, што укључује, али се не ограничава на идентификацију и лоцирање лица, узимање изјава свједока и извођење доказа, предају докумената, хапшење и притварање лица, предају или пребацивање оптужених на Међународни суд. Такође, овај сектор сарађује са Међународним кривичним судом у истрази и кривичном гоњењу лица у складу са чл. 86. до 102. Дијела 9. Статута Међународног кривичног суда и спроводи у праксу захтјеве за све врсте помоћи наведене у члану 93. став (1) тачке а) до к), те ради и друге послове у складу са законом.
Унутрашње организационе јединице
- Одсјек за истраге
- Обавјештајно-аналитички одсјек
Успјешном раду и резултатима посебно доприносе истражитељи обучени за спровођење истрага ратних злочина, организовани у Одсјеку за истраге, који континуирано и блиско сарађују са службеницима Обавјештајно-аналитичког одсјека. Благовремена и адекватна координација ова два одсјека основ је за боље резултате и опште унапређење рада ове организационе јединице. Важан допринос дају и бројне специјалистичке обуке одржане у организацији међународних партнера СИПА-е, а однедавно сличне обуке СИПА организује и реалује ангажовањем властитих људских потенцијала.