Одјељење за заштиту свједока једино је специјализовано одјељење у БиХ које заштићеним свједоцима пружа одговарајуће видове заштите и подршке. Од 2004. године, када је постало оперативно, па до данас Одјељење за заштиту свједока пружило је неки облик заштите за више од 1000 свједока који су свједочили на Суду БиХ и ентитетским судовима. Животи свједока који су били под заштитом овог одјељења, као и животи њихових породица, никада нису били доведени у опасност. Сви службеници Одјељења прошли су посебне специјалистичке обуке, како би могли стручно и професионално обављати овај посао.
Одјељење за заштиту свједокапружа подршку и заштиту свједоцима у складу са релевантним прописима, с циљем да се обезбиједи ефикасна заштита свједока прије, у току и након кривичног поступка. Такође, Одјељење доноси одлуке и спроводи мјере према свједоцима из програма заштите свједока, као и са страним свједоцима у БиХ у складу са споразумом или аранжманом склопљеним између БиХ и стране државе у вези са заштитом свједока, унапређује сарадњу и размјењује информације са надлежним институцијама у БиХ и невладиним организацијама, као и страним органима за спровођење закона и међународним организацијама надлежним за заштиту свједока, врши обраду података и води прописане евиденције, посебно водећи рачуна о безбједности података и информација у вези са заштитом свједока у кривичним поступцима, те континуирано прати прописе који се односе на заштиту свједока и по потреби даје стручна мишљења о истим, обавља и друге послове у складу са законом.
Унутрашње организационе јединице
Одсјек за заштиту врши заштиту свједока у складу са релевантним прописима који регулишу област заштите свједока, те поступа са свједоцима у складу са прописаним процедурама, одржава највиши ниво личне безбједности, заштите идентитета и интегритета свједока, посебно свједока укљученог у програм заштите и њему блиских лица, континуирано прати стање безбједности и степен угрожености свједока, те припрема планове и спроводи мјере заштите. Одсјек сарађује и размјењује неопходне информације са организационим јединицама Агенције, врши процјену и ревизију тренутних мјера и потреба свједока укључених у програм заштите, даје приједлоге у вези са промјеном елемената и мјера из програма заштите и брине о њиховој имплементацији.
Одсјек за оперативну подршку врши оперативну припрему у вези са спровођењем програма заштите свједока, те поступа са свједоцима у складу са прописаним процедурама, спроводи мјере заштите и подршке у корист свједока и лица укључених у програме заштите свједока, те континуирано прати стање безбједности и степен угрожености свједока. Одсјек сарађује и размјењује неопходне информације са другим организационим јединицама Агенције, тужиоцима, судијама и другим органима и институцијама у вези са заштитом свједока, врши процјену и ревизију тренутних мјера заштите, подршке и потреба свједока укључених у програм заштите и даје приједлоге у вези са промјеном мјера заштите и подршке за свједоке. Такођер, учествује у обезбјеђивању и давању на употребу докумената неопходних за одржавање привремено измијењеног идентитета за лица укључена у програм заштите и за потребе службеника Одјељења, те спроводи међународне споразуме са јединицама за заштиту свједока других држава по питању измјештања свједока у другу државу. Одсјек врши прелиминарну процјену трошкова за свједоке прије укључења у програм заштите, послове изнајмљивања и кориштења сигурних објеката, учествује у рјешавању жалби свједока у вези са опхођењем према њима док су у програму заштите, обавља и друге послове у складу са законом.